A fauna de vertebrados do Cerrado apresenta alta diversidade e um grande número de espécies endêmicas, ou seja, espécies que são encontradas apenas no Cerrado. A grande diversidade de ambientes do Cerrado, que apresenta campos limpos, campos úmidos, cerrado típico, mata de galeria, mata seca, vereda, entre outros, permite que espécies de características ecológicas bastante distintas existam em uma mesma localidade. São conhecidas, por exemplo, espécies de aves, roedores, lagartos e serpentes que ocorrem apenas em locais bem preservados cobertos por vegetação campestre, enquanto outras, pertencentes aos mesmos grupos, vivem exclusivamente em formações florestais, tais como o cerradão, a mata de galeria ou a mata seca. Desta forma, quanto maior a quantidade de ambientes diferentes em uma localidade, maior tenderá a ser sua diversidade.

Além das diferenças observadas entre os hábitats em uma mesma região, pelo fato de o Cerrado ser um bioma extenso e central em relação aos demais biomas (Caatinga, Mata Atlântica, Amazônia, Pantanal, Chaco e Pampas), e ser drenado por diferentes bacias hidrográficas (Paraguai, Araguaia, Tocantins, Parnaíba e São Francisco) existem também diferenças na fauna, principalmente a de pequeno porte, entre as grandes regiões do Cerrado. Tudo isso determina uma fauna total bastante rica, composta tanto por espécies endêmicas quanto por espécies comuns a outros biomas.

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